Фамилия Кынатова — редкая и нестандартная для русского слуха. Её основа «Кынат» сразу выбивается из ряда типичных славянских корней, что указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами тюркская фамилия, русифицированная с помощью суффикса -ов/-ова.

Ключевой вопрос — значение корня «Кынат». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, киргизском) слово «кынат» (qanat) означает «крыло». В переносном смысле — «опора», «защита», «покровительство» (как «крыло» в русском). Таким образом, прозвище Кынат могли дать человеку, который был опорой семьи, быстрому или «летящему» в делах, либо обладателю широких плеч. Встречается и значение «боковой отросток», «пластина» — возможно, прозвище относилось к мастеру, делавшему крылья для мельниц или части плуга.

Модель образования проста: тюркское личное имя или прозвище Кынат + русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова), означающий «принадлежащий Кынату», «из рода Кыната». Это типичная схема для фамилий, возникших в зонах активного русско-тюркского контакта (Поволжье, Урал, Сибирь, Казахстан) в XVII–XIX веках.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), суффикс -ов здесь присоединился к основе на твёрдый согласный. Фамилия могла принадлежать крещёным татарам, башкирам или представителям других тюркских народов, перешедшим в православие и получившим фамилию по имени отца. Встречаются также варианты написания: Кынатов (мужская форма) и Кынатова (женская).

В словарях тюркских фамилий (например, в работах А. Суперанской) подобные основы рассматриваются как прозвищные имена. Точных данных о сословной принадлежности носителей нет — это мог быть как крестьянин, так и служилый человек. Сегодня фамилия Кынатова крайне редка, её можно встретить преимущественно в Татарстане, Башкортостане и соседних регионах.