Фамилия Кытун звучит необычно для русского уха и сразу обращает на себя внимание. Её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими или кавказскими языками, где корень «кыт» имеет несколько значений. Самая вероятная версия — основа от тюркского слова «кыт» (или «кыд»), означающего «судьба», «рок», «доля». В таком случае Кытун — это человек, которого прозвали по его участи или по обстоятельствам рождения. В некоторых тюркских диалектах «кыт» также может означать «берег», «край», что даёт вторую, менее распространённую версию: прозвище для живущего на краю селения или у реки.

Суффикс -ун в фамилии — характерный для тюркских языков показатель, образующий имена и прозвища от глагольных или именных основ (сравните: «айтун» — «скажи», «кытун» — «будь судьбой» или «роковой»). В русской среде такие фамилии обычно закреплялись за выходцами из татарской, башкирской или азербайджанской среды, реже — из горских народов Кавказа. Окончание на -ун нехарактерно для исконно русских фамилий, которые чаще используют суффиксы -ов, -ев, -ин. Поэтому Кытун — это не переоформленная в русский лад фамилия, а сохранившая исходную тюркскую модель.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Кытун в Российской империи могли принадлежать к служилым татарам или крестьянам из регионов с сильным тюркским влиянием — например, из Казанской, Уфимской или Оренбургской губерний. Встречается она и в современной России, но остаётся редкой. В некоторых случаях фамилия могла быть записана через «ы» вместо «и» из-за особенностей произношения в местных говорах, но вариант «Кытун» — основной и наиболее достоверный.

Однокоренных фамилий, вроде Кытов или Кытин, в русском ономастиконе практически нет, что подчёркивает изолированность и уникальность этой фамилии. Если искать параллели, то можно вспомнить фамилию Кытманов, которая также имеет тюркские корни, но с другим суффиксом. Таким образом, Кытун — это фамилия-прозвище, в основе которой лежит либо понятие судьбы, либо географическая привязка, и она прямо указывает на тюркское происхождение предка.