Фамилия Кюбер — редкая для России, и её происхождение напрямую связано с немецким или прибалтийским влиянием. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имени или прозвища при помощи суффиксов -ов, -ев или -ин, Кюбер сохранила исходную немецкую форму без русификации. Это указывает на то, что носитель фамилии или его ближайшие предки были выходцами из немецкоязычных земель, переселившимися в Российскую империю уже с готовой фамилией.

Основа фамилии — немецкая фамилия Küper или Küfer, которая в свою очередь восходит к средневерхненемецкому küefer, что означает «бондарь» — мастер по изготовлению бочек, кадок и другой деревянной тары. В южнонемецких диалектах и в Баварии слово произносилось как Küber, отсюда и русское написание «Кюбер». Таким образом, предок носителя фамилии почти наверняка был ремесленником-бондарем, а фамилия закрепилась за ним по профессии — распространённая модель в немецкой ономастике.

Стоит отметить, что написание «Кюбер» — это транслитерация с немецкого, где буква «ü» передана как «ю». В оригинале фамилия могла писаться Küper, Küfer, Küber или Kiefer, и разные ветви одного рода могли записываться по-разному в метрических книгах лютеранских приходов. В России фамилия встречается в основном у потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II, особенно в Поволжье, Причерноморье и в Петербургской губернии, а также у балтийских немцев, перешедших в православие.

Поскольку фамилия не прошла через русскую словообразовательную модель, она не имеет привычных для нас суффиксов принадлежности. Это не «чей-то сын» (как Иванов или Кузнецов), а прямая немецкая фамилия-прозвище, которую носил основатель рода. В русском языке она остаётся несклоняемой для женщин, а мужской вариант склоняется как существительное второго склонения: Кюбера, Кюберу и так далее.

Фамилия Кюбер не входит в число распространённых, и её носители немногочисленны. Встречается она и в современной Германии, но там чаще пишется как Küper или Küfer. Если ваша фамилия Кюбер, вы с высокой вероятностью принадлежите к потомкам немецких мастеровых, сохранивших в своём роду память о ремесле бондаря.