Фамилия Кюшникова — редкий случай, когда написание хранит следы живой народной речи. Её основа — прозвище Кюшник, а оно, скорее всего, родилось из слова «кущник». В говорах под влиянием мягкого «щ» гласный «у» перешёл в «ю»: получилось «кющник», а затем и «кюшник». Так в старину называли человека, который жил в шалаше, временной лачуге или шатре — словом, в куще. Прозвище могли дать беглому крестьянину, лесному отшельнику или человеку, который в силу обстоятельств не имел постоянного дома и ютился во временном укрытии.

Суффикс -ник в основе указывает на принадлежность к месту или занятию: кущник — тот, кто в куще. А вот фамильный суффикс -ов/-ев стандартный для русских фамилий, он отвечает на вопрос «чей?»: сын Кюшника — Кюшников. Форма Кюшникова — женская или родительная падежная форма мужской фамилии.

Есть и другая версия, хотя она менее убедительна с точки зрения фонетики. Слово «кюш» встречается в казахском языке в значении «сила», и отсюда якобы пошло прозвище Кюшник для очень крепкого человека. Однако переход «кюш» в «кюшник» выглядит искусственным: в тюркских заимствованиях в русских фамилиях обычно сохраняется корень без наращения -ник. Кроме того, фамилия Кюшникова встречается в русских регионах, а не в казахской среде, что делает версию с «силой» маловероятной.

Сама фамилия — нечастая. Встречается в центральных областях России, реже на Урале. Принадлежит к типу прозвищных фамилий, которые не связаны с профессией или именем, а описывают образ жизни или внешние обстоятельства предка. Именно в этом её ценность: прозвище Кюшник могло закрепиться за человеком, который жил не как все — в лесу, в шалаше, в стороне от деревни. Со временем оно перестало быть характеристикой и стало родовым именем, передавшись потомкам как Кюшниковы.