Фамилия Кюшниковы — один из тех случаев, когда написание хранит следы живого произношения. В её основе лежит прозвище Кюшник, которое возникло из слова «кущник». Под влиянием мягкого согласного «щ» гласный «у» перешёл в «ю» — так на письме закрепилось то, как звучало слово в речи. Кущником на Руси называли человека, который жил в шалаше, временной лачуге или палатке, то есть в куще — укрытии из веток или лёгкого материала. Владелец такого жилья, скорее всего, вёл неоседлый образ жизни: мог быть лесным сторожем, бортником, охотником или просто человеком, не имевшим постоянного дома.

Суффикс -ник в прозвище Кюшник (от «кущ» + «ник») указывал на лицо по его занятию или месту обитания. Такая модель словообразования была типична для славянских языков: ср. «огородник», «лесник». Позже к основе добавился патронимический суффикс -ов, и фамилия Кюшников стала означать «сын Кюшника» или «потомок того, кого звали Кюшник».

Существует и другая версия, по которой корень фамилии связан с казахским словом «кюш» — «сила». Согласно этой гипотезе, прозвище Кюшник могли дать очень сильному, крепкому человеку. Однако такое объяснение выглядит менее убедительным: фамилия имеет устойчивую славянскую словообразовательную модель, а переход из тюркского «кюш» в славянский суффикс -ник нехарактерен для русских прозвищ. К тому же в исторических документах фамилия встречается преимущественно в центральных и северных губерниях России, где тюркское влияние было минимальным.

Фамилия Кюшниковы — редкий пример того, как фонетические процессы (замена «у» на «ю» перед мягким согласным) застыли в письменной форме. В других фамилиях с тем же корнем, например, Кущников или Кущев, такого перехода не произошло. Это делает Кюшниковых ценным материалом для историков языка: по ней можно изучать, как живые диалектные особенности проникали в официальные документы и закреплялись в родовых именованиях.