Фамилия Кюссе — редкий для России случай, когда иностранное по происхождению имя не было русифицировано ни суффиксом, ни окончанием. Она звучит как калька с французского или немецкого написания, и именно в этом её главная особенность: носитель такой фамилии почти наверняка не из крестьянской среды, а из числа потомков иностранных специалистов, приглашённых в Российскую империю.

Основа фамилии — французская фамилия Cusset (произносится как «Кюссе»). Во Франции она чаще всего топонимическая: происходит от названия города Кюссе (Cusset) в департаменте Алье, регион Овернь. Человек, переселившийся из этого города в другое место, получал прозвище по месту выхода — «Кюссе». Менее вероятно, но возможно, что корень восходит к старофранцузскому cusse (род сосуда, бочонок) — тогда фамилия могла быть прозвищем бондаря или торговца.

В России фамилия Кюссе могла появиться несколькими путями. Первый — через эмигрантов, бежавших от Великой французской революции или приехавших по контракту: гувернёры, учителя, инженеры, офицеры. Второй — через обрусевших немцев, писавших фамилию по-французски. В любом случае, в отличие от подавляющего большинства русских фамилий, Кюссе не имеет ни суффикса принадлежности (-ов, -ин), ни окончания, типичного для дворянских фамилий на -ский. Это «голая» основа, которая не склонялась в документах и сохранила иноземный облик.

Словообразовательная модель проста: фамилия не переосмыслялась на русской почве. Её не «переделывали» в Кюсских или Кюссовых — значит, носители долго держались в среде, где французский язык был языком общения, или же фамилия была записана в метриках иностранных конфессий. Географически такие фамилии чаще встречались в столицах (Петербург, Москва) и в крупных городах с инородческими колониями (Одесса, Рига).

В ономастических словарях фамилия Кюссе не описана — это указывает на её малую распространённость. Для сравнения: однокоренные французские фамилии Cusson, Cussac в России практически не встречаются. Если вы носите фамилию Кюссе, ваши предки, скорее всего, были людьми «служилыми» или образованными, прибывшими из Франции или Швейцарии в XVIII–XIX веках и сохранившими исходное написание без адаптации к русскому языку.