Фамилия Кызым — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими именниками. В русской модели фамилий нет суффикса, который образовывал бы фамилию от славянского корня, оканчивающегося на -ым. Скорее всего, перед нами тюркская фамилия, попавшая в русский контекст через межнациональные браки, переселения или административный учёт. Основа «кызым» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, азербайджанском) означает «моя дочь» или «девушка». Если разобрать слово: «кыз» — дочь, девушка, а окончание «-ым» — притяжательный аффикс первого лица единственного числа («моя»). Таким образом, исходное прозвище или имя могло звучать как Кызым — «моя доченька», «моя девочка».

Вероятный сценарий появления фамилии — патроним, но не от отца, а от матери. В тюркской среде, особенно в прошлом, женщину могли называть по мужу или отцу, но существовали и ласкательно-уважительные обращения к дочери. Если у женщины не было сыновей или она была единственной дочерью в семье, её могли прозвать Кызым, и это прозвище закреплялось за её детьми как фамилия. Другой вариант: Кызым — это усечённая форма от более длинного имени, например, Кызымбике (госпожа-дочь) или Кызымгуль (цветок-дочь). В русской записи окончание отпало, и фамилия застыла в виде короткого корня.

Географически фамилия Кызым встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически компактно проживают татары и башкиры. Встречаются единичные носители в Казахстане и на Северном Кавказе, но там фамилия может быть следствием недавней миграции. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия практически не фиксируется: она либо записывалась на слух с искажениями (Кызымов, Кызын, Кызыл), либо её носители не входили в сословие, подлежавшее массовому учёту.

Важная деталь: фамилия Кызым не имеет отношения к тюркскому слову «кызыл» (красный). Несмотря на внешнее сходство, это разные корни. Если бы фамилия происходила от цвета, она звучала бы как Кызылов или Кызылов. А здесь налицо именно притяжательная форма, что указывает на личное, внутрисемейное прозвище. Носителям фамилии стоит искать свои корни в татарских или башкирских родословных, обращая внимание на женскую линию: возможно, фамилия хранит память о прародительнице, которую в роду называли просто «доченька».