Фамилия Кызыма — редкий случай, когда географический и языковой следы почти полностью перекрывают славянскую этимологию. На слух она кажется иноязычной, и это первое, что бросается в глаза: в русских фамилиях окончание -ыма нехарактерно. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русским языком.

Основа «кыз» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, киргизском) означает «девочка», «дочь». Слово «кызыма» можно перевести как «моей дочери» или «моя девочка». В тюркской ономастике такие формы часто становились прозвищами или ласковыми обращениями, которые потом закреплялись за человеком. Например, отца, который особенно выделял дочь, могли прозвать Кызыма. Другая версия — фамилия могла образоваться от женского имени Кыз (Кызым), что встречается у ряда народов Поволжья и Сибири.

Модель образования фамилии нетипична для русского языка: здесь нет суффиксов -ов, -ин, -ский. Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, была записана в документах в исходной форме, без русификации. Встречается она преимущественно на юге Сибири (в Хакасии, Туве) и в Татарстане — то есть в зонах активного контакта тюркского и русского населения. В XIX — начале XX века многие тюркские фамилии фиксировались именно так: как звучало прозвище или отчество, без добавления типичных русских суффиксов.

Есть и более редкая, но лингвистически возможная версия: связь с диалектным глаголом «кызыть» (горячить, сердить) в южнорусских говорах. Однако суффикс -ыма в этом случае необъясним — он не свойственен русскому словообразованию. Поэтому тюркский корень остаётся основным и наиболее правдоподобным.

Социальный слой носителей фамилии Кызыма — скорее всего, крестьяне или казаки из регионов с тюркским населением, где происходила ассимиляция. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России Кызыма — фамилия малочисленная, её носители живут в основном в Сибири и на Урале.