Фамилия Кизыма образована от аналогичного прозвища, которое, скорее всего, восходит к казахскому слову «қызым», что в переводе на русский язык означает «дочь». Возможно, подобное прозвище получил миловидный мужчина или девочка, воспитывавшаяся без одного родителя. Согласно другой гипотезе, это прозвище получил выходец из села Кизимы, расположенного в Тепликском районе Винницкой области. Тогда оно указывало на место жительства предка обладателя фамилии Кизыма. Однокоренные прозвища неоднократно документированы в XVI-XVII вв. в грамоте Бориса Годунова в составе посольства запорожцев упоминается козацкий старшина Кызым; Богдан Кизим, Кизименко — козацкие старшины первой половины XVII; козак Кизым Величенко упоминается в реестре 1649 г.