Фамилия Лабойкова — женская форма, но разговор обычно начинают с мужского варианта: Лабойков. Сразу бросается в глаза необычный корень. В русских фамилиях редко встретишь сочетание «-бой-» в середине, если только речь не о ремесле или прозвище. Скорее всего, в основе лежит слово «лабой» или «лабойка» — но что оно значило?

Самая вероятная версия: прозвище Лабой (или Лабойко) дали человеку, который бил, колотил что-то — например, работал молотобойцем, кузнецом или просто был драчуном, забиякой. Приставка «ла-» могла быть диалектной или просторечной частицей, усиливающей действие: «ла-бой» — тот, кто всерьёз бьёт. В говорах северных и центральных областей России встречались слова вроде «лабута» (неуклюжий человек) или «лабать» (играть на музыкальном инструменте, но также — стучать, колотить). Не исключено, что «лабой» — вариант такого же звукоподражательного или описательного прозвища.

Суффикс -к- в основе (Лабойко) указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинской ономастике суффикс -ко образует фамилии от прозвищ и имён: Лабойко — «сын или человек Лабоя». Затем, при русификации, фамилия получила стандартный русский суффикс -ов, что дало Лабойков. Такая модель типична для переселенцев с Украины или юга России, осевших в центральных губерниях.

Встречается фамилия в основном в Волгоградской, Ростовской областях и на Ставрополье — регионах, куда активно мигрировали малороссы в XVIII–XIX веках. Есть и единичные носители в Сибири, что тоже укладывается в историю переселений.

Менее вероятная, но возможная версия: связь с тюркским «лабай» — так в некоторых диалектах называли большую рыбу (например, сома). Прозвище могли дать рыболову или крупному, медлительному человеку. Однако эта гипотеза слабее: фамилия нехарактерна для татарских или башкирских родов, а суффикс -ко — явно славянский.

Сословно Лабойковы, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — то есть не были дворянами. В дореволюционных списках фамилия не встречается среди знати, а её «ремесленная» основа указывает на простое происхождение.