Вероятнее всего, в основе фамилии Лабунченко лежит мирское имя Лабунка (Лабунька), которое происходит от украинского глагола «лабуніць», что в переводе на русский язык означает «ласкать». Вероятно, так называли любимого ребенка, баловня. Согласно другой версии, именование Лабунка было прозвищем, которым прозвали внимательного, заботливого, ласкового родителя. Однако нередко Лабункой называли того, кто пытался во всем угодить человеку, стараясь расположить его к себе. В этом случае прозвище указывает на особенности характера основателя рода Лабунченко.