Фамилия Лабунько, при взгляде на неё, сразу обращает на себя внимание характерным украинским суффиксом -ко. Этот суффикс в восточнославянской ономастике — верный указатель на происхождение с территории современной Украины или Беларуси. Он выполнял роль уменьшительно-ласкательного или патронимического форманта, то есть мог означать «маленький» или «сын такого-то». В случае с Лабунько мы имеем дело с моделью, где суффикс присоединился к личному имени или прозвищу Лабунь.

Само имя Лабунь, скорее всего, имеет корни в глаголе «лабуніць», что по-украински значит «ласкать». Если принять эту версию, то перед нами типичное мирское имя-оберег или ласкательное прозвище. В древности, давая ребёнку такое имя, родители как бы закрепляли за ним пожелание быть любимым, желанным. Лабунем могли называть и самого баловня, и, наоборот, заботливого, ласкового отца, который не чаял души в детях. Впрочем, у этого прозвища мог быть и оттенок хитрости: так могли назвать того, кто льстил или старался угодить ради собственной выгоды, пытаясь расположить к себе собеседника.

Есть и третья, более конкретная версия, уходящая корнями в географию. На Волыни, в Заславском районе Хмельницкой области (ранее — Волынская губерния), существует село с названием Лабунь. В этом случае фамилия Лабунько могла образоваться не от прозвища, а от топонима. Предок человека с такой фамилией мог быть выходцем из этого села, и его прозвали «Лабунь», то есть «тот, кто из Лабуни». Суффикс -ко в таком контексте закрепил за ним значение «сын выходца из Лабуни» или просто «житель, наш человек оттуда». Эта версия выглядит особенно правдоподобной, если учесть, что фамилии на -ко часто маркировали именно географическое происхождение в среде казачества и крестьянства.

Таким образом, перед нами фамилия, в которой слились воедино два возможных смысла: либо ласковое прозвище, данное по характеру, либо указание на малую родину предка. Обе версии имеют право на жизнь, и без генеалогического исследования конкретной семьи понять, какая из них верна, невозможно.