Фамилия Лабунина — женская форма от Лабунин, и её происхождение стоит начать разбирать с основы «Лабун-». Сама по себе она нечастая, и корень здесь неочевидный. Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя Лабун (или Лабуня). Что оно могло означать? Есть две основные версии, и первая из них выглядит убедительнее.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «лабунить» — в некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) это значит «болтать, пустословить, говорить вздор». Соответственно, Лабуном могли прозвать говорливого человека, балагура или того, кто любил рассказывать небылицы. Такие прозвища по чертам характера давали часто, и суффикс -ун (как в Болтун, Ворчун) как раз образует названия людей по действию. В этом случае фамилия Лабунин образована по типичной модели: прозвище Лабун + притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Лабунин», то есть сын или потомок Лабуна).

Вторая версия — топонимическая. В России есть несколько небольших речек и урочищ с названием Лабуна, Лабуня (например, в бассейне Северной Двины). Тогда фамилия могла возникнуть от прозвища человека, пришедшего с такой реки или жившего на её берегу. Однако эта гипотеза слабее: топонимов с таким корнем мало, и они сами, скорее всего, произошли от того же диалектного глагола. Поэтому версия с прозвищем по характеру остаётся основной.

Суффикс -ин в фамилии Лабунин — один из самых распространённых в русской антропонимии. Он указывает, что фамилия формировалась в среде, где преобладала модель «чей?» (как и у фамилий на -ов/-ев). Такие фамилии чаще всего носили крестьяне и посадские люди, реже — служилые. Так что предки Лабуниных, скорее всего, были из непривилегированных сословий, и их родоначальник получил прозвище за свою словоохотливость или склонность к пустой болтовне. Встречается фамилия преимущественно в северных и центральных областях России, что косвенно подтверждает диалектную природу основы.