Фамилия Лабунин — это типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ин». В основе лежит прозвище Лабуня, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Лабунин, то есть сын или потомок Лабуни. Это одна из самых распространённых моделей для фамилий, произошедших от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я.

О происхождении самого прозвища Лабуня есть несколько версий, и все они описывают человека по его характеру или поведению. Наиболее убедительно выглядит связь с белорусским глаголом «лабуніць» — «ласкать». В этом случае Лабуня — это всеобщий любимец, изнеженный или избалованный ребёнок. Версия подкрепляется и тем, что ареал фамилии может тяготеть к западнорусским и белорусским землям, где такое слово было в ходу.

Однако есть и другая, прямо противоположная трактовка. В русских диалектах встречается слово «лабунина» — «разиня, ротозей, неуклюжий человек». Если прозвище пошло от него, то предок носителя фамилии был, напротив, человеком неловким или рассеянным. Наконец, возможна связь с глаголом «лабзить» — «льстить». Тогда Лабуня — льстец, угодник.

Какая из версий верна для конкретной семьи, сегодня сказать невозможно. Все они показывают, что фамилия образовалась не от крестильного имени, а от уличного прозвища, которое давали по заметной черте — ласковости, нерасторопности или льстивости. Примечательно, что прозвище Лабуня действительно древнее: в работах историка С. Веселовского упоминается крестьянин Лабуня, живший в 1520 году в Переяславле. Это одно из ранних свидетельств бытования основы, которая спустя столетия закрепилась в фамилии Лабунин.