Фамилия Лабынько, скорее всего, имеет белорусские корни и образована от прозвища Лабынь. В основе этого прозвища лежит белорусское слово «лабан» — так называли человека с большой головой, «лобача». В старину это слово имело более широкий смысл: «лабанами» могли назвать и крупного, крепкого человека, и того, кто выделялся смекалкой, догадливостью или большими знаниями. Внешний признак перерастал в характеристику ума и силы.

Особенность фамилии — в её суффиксе. Окончание -ко характерно для украинской и южно-белорусской ономастики. Чаще всего такие фамилии указывали на потомка или человека, связанного с носителем прозвища: Лабынько — это буквально «сын или человек Лабыня». Встречаются и похожие варианты: Лабунько, Лабанько, Лабынец. Все они образованы от одного корня, но различаются диалектными особенностями произношения.

Прозвище Лабынь, от которого пошла фамилия, со временем вытеснило крестильное имя в повседневном обиходе и закрепилось в документах как наследственное. Носители фамилии Лабынько исторически жили в основном на территории современной Беларуси и в прилегающих районах Украины. Встречается она и в Польше — в записях XIX века упоминаются крестьяне и мещане с такой фамилией из Гродненской и Минской губерний.