Фамилия Лагунникова хранит память о прозвище далёкого предка. В её основе лежит диалектное слово «лагун» — так в старину называли небольшой бочонок, кадку. От него образовалось прозвище Лагунник. Чаще всего такое прозвище давали человеку по ремеслу: бочару, который делал бочки, лагуны и другую деревянную посуду для хозяйства. Второе, менее вероятное толкование — прозвище могли дать полному, дородному человеку: на Руси полноту нередко связывали с крепким здоровьем и достатком, и сравнение с полным бочонком было понятным и беззлобным.

Фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе «Лагунник» добавили суффикс принадлежности -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую форму. То есть первоначально Лагунниковы — это «дети (или жена) Лагунника». Полная форма Лагунникова закрепилась за женщинами, а мужской вариант — Лагунников. Географически фамилия встречается в разных регионах, но чаще всего — в областях, где было развито бондарное ремесло: на севере, в Поволжье и на Урале. В современных справочниках фамилия не входит в число самых распространённых, что говорит о её относительно локальном бытовании.

Словообразовательная цепочка прозрачна: «лагун» (бочонок) → «лагунник» (бочар или, реже, полный человек) → «Лагунников» → «Лагунникова». Спорных версий две, но профессиональная — бочар — выглядит убедительнее, поскольку прозвища по роду занятий давали чаще, чем по внешности, и они легче закреплялись в качестве фамилий.