Фамилия Лагунова — женская форма, образованная от мужской Лагунов, а та, в свою очередь, от прозвища Лагун. Самое вероятное объяснение этого прозвища лежит на поверхности и связано с ремеслом: «лагуна» (или «лагун») в русских говорах — это не что иное, как бочонок, кадка, небольшая деревянная емкость для хранения жидкостей. Тогда Лагуном называли бондаря, мастера по изготовлению бочек и кадок для хозяйственных нужд. Такая версия куда убедительнее, чем попытка возвести прозвище к итальянскому laguna (лагуна, морской залив), — для крестьянской среды, где и складывались фамилии, это было бы чересчур экзотично.

Не исключено и второе, бытовое значение. Поскольку бочонок — предмет пузатый и округлый, прозвище Лагун в переносном смысле могли дать человеку полному, неповоротливому, «круглому» как кадушка. Такие прозвища по внешности в русской традиции встречаются не реже, чем по профессии.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Лагуна), а окончание -а — на женский род носительницы. В документах фамилия могла фиксироваться и как Лагунов/Лагунова, и в более редкой форме Лагунин, если прозвище было на -я (Лагунь). Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских областях — там, где бондарный промысел был особенно развит.