Фамилия Лагунина — женская форма, образованная от мужской фамилии Лагунин. В основе лежит прозвище Лагун. Самое правдоподобное объяснение ведет к слову «лагуна» (или «лагун»), которое в русских говорах означало не лагуну-залив, а бочку, бочонок, кадку. Бондарное ремесло было повсеместно востребованным: лагуны использовали для хранения воды, кваса, зерна. Поэтому Лагуном скорее всего называли бондаря, мастера по деревянной таре. Менее вероятна версия, что прозвище дали по внешности — так могли прозвать полного, грузного человека, сравнив его с пузатым бочонком. Итальянское laguna («озеро морской воды») к русской фамилии прямого отношения не имеет — это книжное заимствование, а прозвища в крестьянской среде давали по своим, бытовым словам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лагунин — «сын или потомок Лагуна». Фамилия встречается преимущественно в южнорусских и поволжских областях, где слово «лагун» в значении «бочка» было особенно употребительно. Встречаются варианты написания через «о» (Лагонин), но они редки и, как правило, результат аканья в произношении.