Фамилия Лагуновы (в мужском роде — Лагунов) образована от личного прозвища Лагун, что типично для русских фамилий, сложившихся к XVII–XVIII векам. Слово «лагун» в разных говорах имело два основных значения, каждое из которых могло породить прозвище.

Первое и самое прямое — «лагуна», то есть морской залив, отделённый песчаной косой, или озеро, отшнуровавшееся от моря. В этом случае прозвище Лагун давали человеку, жившему у такого водоёма. Однако здесь важно уточнение: слово «лагуна» в русском языке — заимствование из итальянского, оно вошло в обиход сравнительно поздно и было книжным. В народной речи на юге России и в казачьих областях «лагуной» называли не столько географический объект, сколько болотистую низину или пойму, заливаемую весенней водой. Поэтому прозвище могло указывать на жителя сырого, низменного места.

Второе, более распространённое в диалектах значение — «лагун» как бочонок, кадушка для хранения жидкостей. В старину лагунами называли небольшие деревянные сосуды для воды, кваса или вина. Отсюда прозвище Лагун часто давали бочару — мастеру, делавшему бочки. Такое профессиональное прозвище было естественным для ремесленника, чья работа была на виду у всей округи.

Реже, но тоже возможно: прозвище Лагун могли получить полный, грузный человек — по ассоциации с пузатым бочонком. В русской антропонимии такие «ёмкостные» прозвища (Кувшин, Ковш, Бочка) встречаются постоянно, и Лагун вписывается в этот ряд.

Словообразовательная модель проста: к основе Лагун- добавлен типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Лагуна». Фамилия закрепилась в формах Лагунов и Лагуновы (множественное число для обозначения рода или семьи). Встречается она преимущественно в южнорусских регионах и у казачества, где диалектное слово «лагун» было в ходу. О точном времени возникновения говорить сложно — фамилии такого типа формировались на протяжении нескольких столетий, и документальные свидетельства разрозненны.