Фамилия Лагунин — типичный пример русской отпрозвищной фамилии, образованной по модели «-ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лагунин — это «сын Лагуны» или «человек из рода Лагуны».

Ключевой вопрос — что означало само прозвище Лагуна. Самая очевидная параллель — итальянское laguna («лагуна», морской залив). Но маловероятно, что в русской деревне, где и сложилось большинство фамилий, человека прозвали бы заморским географическим термином. Гораздо убедительнее версия, что прозвище пошло от русского слова «лагуна» в старом бытовом значении — «бочка, бочонок». Так называли небольшую деревянную емкость для воды или кваса, которую носили с собой в поле или в дорогу. Соответственно, Лагуной могли прозвать бондаря — мастера, который такие бочки делал. Либо человека, который постоянно носил с собой лагуну, например, водоноса.

Есть и вторая, менее вероятная, версия: в переносном смысле «лагуной» могли обозвать полного, неповоротливого человека — по сходству фигуры с бочонком. Но ремесленная версия выглядит предпочтительнее: прозвища по профессии давали чаще, чем по внешности.

Фамилия Лагунин встречается в нескольких регионах России, но заметно чаще — в Поволжье и на юге. Это косвенно подтверждает связь с бондарным делом: в южных губерниях, где развито было виноделие и хранение воды в бочках, бондарей ценили особо.