Фамилия Лагунин восходит к прозвищу Лагуна. Маловероятно, что оно восходит к итальянскому слову lagun, которое означает «озеро морской воды, озеро или ковш (залив с узким перехватом), отделенный от моря». Скорее всего, прозвище ведет свое начало от созвучного слова «лагуна» — «бочка, бочонок». Вероятно, Лагуном называли того, кто мастерил бочки для различных хозяйственных нужд. Не исключено, что прозвище Лагуна мог получить полный, неповоротливый человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лагуна, со временем получил фамилию Лагунин.