Фамилия Лагунский — хороший пример того, как одна и та же основа могла дать жизнь фамилиям в разных социальных средах. Её ядро — слово «лагун», но у него было как минимум два самостоятельных значения, и какое из них легло в основу фамилии, зависит от региона и происхождения конкретной ветви рода.

Самое очевидное объяснение — прозвище от «лагун» (или «лагуна») в значении «бочка, кадка, большая деревянная посудина для жидкости». В южнорусских и украинских говорах так называли бондаря или человека, который торговал дёгтем, рыбой, вином — всем, что хранили в лагунах. В этом случае прозвище Лагун перешло в фамилию при помощи типичного для шляхты и духовенства суффикса -ский. Лагунские из Черниговской или Полтавской губерний, скорее всего, потомки казаков или мещан, получивших фамилию по ремеслу предка.

Вторая версия отсылает к географическому названию. Лагуна — неглубокий залив, отделённый от моря косой. Такой топоним встречается на юге, особенно в Крыму и Приазовье. Фамилии на -ский нередко давали по месту жительства или владения: человек, живший у лагуны, или выходец из селения с похожим названием (например, хутор Лагунский на Кубани) мог стать Лагунским. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится, что говорит о её происхождении из непривилегированных сословий — казачества, крестьянства или мелкой городской службы.

Интересно, что фамилия Лагунский встречается заметно реже, чем однокоренные Лагунов или Лагутин. Суффикс -ский в данном случае не указывает на польское происхождение (в отличие от многих фамилий на -ский), а скорее на украинскую или белорусскую почву, где такие модели были особенно популярны в XVII–XVIII веках. Встречается также вариант написания через «а» — Лаганский, но он может быть связан с другим корнем (например, «лагань» — глиняная миска). В целом, фамилия Лагунский — это фамилия-прозвище по ремеслу или фамилия-топоним, и без генеалогического исследования конкретной семьи сказать точнее нельзя.