Фамилия Лахтунова — женская форма, а мужская — Лахтунов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Лахтун. Слово это непростое, и у него как минимум два объяснения, причём оба ведут в разные стороны.

Первая и самая вероятная версия связывает Лахтуна с диалектным глаголом «лахтать» — в некоторых русских говорах это означало «жадно есть, хлебать, лакать». Тогда Лахтун — прозвище человека с отменным аппетитом, едока, который не прочь плотно поесть. Такие прозвища по физиологическим особенностям или привычкам были в ходу на Руси и легко превращались в фамилии через суффикс -ов.

Вторая версия — географическая. В северных и сибирских говорах «лахта» — это залив, губа, а также мокрый, низменный луг. Лахтуном могли назвать человека, жившего у такого залива или на болотистой низине. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно если учесть, что фамилия встречается в регионах, где такие слова были в ходу.

Суффикс -ун в основе Лахтун — типичный для русских прозвищ, образованных от глаголов (ср. Болтун, Молчун, Крикун). Он придаёт слову оттенок деятеля, носителя признака. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Лахтун → сын Лахтуна → Лахтуновы.

Фамилия редкая, не из числа распространённых. Встречается в основном на севере европейской части России и в Сибири, что косвенно поддерживает обе версии — и диалектную, и географическую. Сословной привязки нет: Лахтуновыми могли быть и крестьяне, и посадские люди. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется с XVIII века. Известных носителей, вошедших в энциклопедии, нет — это фамилия непубличная, бытовая, что для этимолога даже интереснее: она сохранила язык повседневности, а не парадной истории.