Фамилия Латынников — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Модель «-ник» + «-ов» указывает на профессиональное прозвище: человек, связанный с латынью. В древнерусском языке «латыня» означало не только латинский язык, но и католическую веру, а шире — всё западное, «латинское». Соответственно, Латынником могли назвать переводчика с латыни, писца, работавшего с латинскими документами, или даже священника, получившего образование в киевской или московской академии, где латынь была основой обучения.

Вторая версия, менее очевидная, но правдоподобная для северных областей: «латынник» — прозвище человека, который торговал с «латынцами» (немцами, поляками, литовцами) или сам долго жил среди них, переняв их обычаи и речь. В Новгородской и Псковской землях, где контакты с Ганзой и Литвой были повседневностью, такое прозвище не было редкостью. Суффикс «-ник» в этом случае означал деятеля — того, кто «латынничает», то есть ведёт дела по-западному.

Есть и третий, бытовой вариант: в южных говорах «латынником» иногда называли человека, носящего необычную, «не нашу» одежду, напоминающую польский или венгерский крой. Но эта версия слабее — она не объясняет, почему прозвище закрепилось как фамилия именно в центральных и северных губерниях, где фамилии на «-ов» были нормой.

Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, её носили люди служилые или посадские: подьячие, толмачи, приказные. В переписях XVIII века Латынниковы встречаются в Тверской и Ярославской губерниях, что косвенно подтверждает связь с грамотой и церковным образованием — именно там были сильны старые училища при монастырях, где латынь преподавалась как обязательный предмет.

Что интересно: фамилия не получила широкого распространения и не «обросла» однокоренными вариантами вроде Латынцев или Латынский. Это говорит о том, что прозвище было очень конкретным, «штучным» — его давали не группе людей, а одному человеку за его особое занятие или манеру. Современный носитель фамилии может с высокой вероятностью считать, что его предок был либо грамотеем, знающим латынь, либо человеком, крепко связанным с западными соседями в торговле или дипломатии.