Фамилия Лексенков — один из примеров того, как народная речь перекроила церковное имя до неузнаваемости. В основе лежит имя Алексей, а точнее, его просторечная форма Лексей. В русских говорах начальный гласный «а» часто отбрасывали, если он не стоял под ударением: так Алексей превращался в Лексей, Арина — в Рина, Анастасия — в Настасья. От имени Лексей с помощью суффикса -енк- образовали отчество Лексенок («сын Лексея»), а уже от него — фамилию Лексенков, то есть «потомок Лексенка».

Суффикс -енк- здесь указывает на малороссийское (украинское) или южнорусское происхождение. В тех краях отчества на -енко были особенно распространены, а при русификации фамилий их нередко «наращивали» окончанием -ов, подгоняя под великорусский стандарт. Таким образом, Лексенков — это фамилия, которая могла возникнуть на территории современной Украины или в южных областях России, а затем получить привычную форму.

Менее вероятно, что основа связана с именем Лександр (народная форма Александр). Но в этом случае фамилия звучала бы как Лександров или Лександренков. Вариант Лексенков прочно привязан именно к имени Лексей, что подтверждается и другими однокоренными фамилиями: Лексеев, Лексютин, Лексенко.

Фамилия довольно редкая. Она не фиксируется в боярских и дворянских родословных, а значит, её носители, скорее всего, происходили из крестьян, мещан или казаков. Встречается она преимущественно в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины — в тех местах, где исторически смешивались русские и украинские говоры.