Фамилия Лелис звучит нехарактерно для русского уха, и причина в её происхождении: она почти наверняка не русская. В основе фамилии лежит либо литовское слово, либо польский топоним, и обе версии имеют под собой почву.

Первая и наиболее вероятная гипотеза связывает фамилию с литовским словом lelys — «козодой». Так на Руси называли насекомоядную птицу, похожую на ласточку или стрижа. В древности у славян и балтов были широко распространены мирские имена, данные по названиям птиц, зверей или растений. Такое имя могло стать прозвищем, а затем и фамилией, закрепившись за потомками человека по прозвищу Лелис. Эта версия объясняет и необычный суффикс -ис, который встречается в фамилиях литовского или жемайтского происхождения (сравните с литовскими фамилиями на -ис, -ус). Если предок носителя фамилии жил на территории современной Литвы или в пограничных с ней районах Беларуси, такое объяснение самое прямое.

Вторая гипотеза выводит фамилию от польского топонима Лелис. Так называется сельская гмина (волость) в Польше, входящая в Остроленцкий повят Мазовецкого воеводства. В этом случае фамилия образована по модели, типичной для польской ономастики: название места жительства становилось прозвищем, а затем и родовым именем. Основатель рода Лелис мог быть выходцем из этой волости или жить в ней постоянно. Однако у этой версии есть слабое место: фамилии, образованные от топонимов, обычно имеют суффиксы -ский/-цкий или -ов/-ев. Форма Лелис без добавочного суффикса встречается реже и скорее указывает на прозвищное, а не на «географическое» происхождение.

Обе версии не противоречат друг другу: польская гмина Лелис могла получить своё название от того же литовского слова lelys (в этих краях исторически жили балтские племена). Таким образом, в любом случае фамилия Лелис восходит к названию птицы козодоя. Встретить её можно в основном на западе России, в Беларуси и в восточной Польше — то есть на землях бывшего Великого княжества Литовского.