Фамилия Лемуткина — женская форма, а мужской вариант — Лемуткин. В её основе лежит прозвище Лемутка, которое, скорее всего, происходит от диалектного слова «лемуть» или «лемут». В говорах русского Севера и Поволжья так называли вязкую, топкую грязь, болотистую жижу. Слово родственно глаголу «лемешить» — месить грязь, пачкать. Человек мог получить прозвище Лемутка за неопрятность, либо, наоборот, за работу, связанную с болотистой местностью или глиной (например, гончар или землекоп). Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с финно-угорским корнем «лемби» (глина, ил) — в таком случае прозвище могло указывать на место жительства у глинистого берега реки.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Лемуткин буквально значит «сын Лемутки» или «человек из семьи Лемутки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии чаще всего встречались у крестьян и посадских людей северных уездов России — Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. Именно там диалект сохранил слово «лемуть» в живом употреблении.

Сейчас фамилия Лемуткина — редкая. Её носители живут в основном в центральной России и Поволжье, но географическая привязка к северным регионам остаётся основной зацепкой для тех, кто ищет корни. Если предок носил такое прозвище, он, вероятно, был либо крестьянином, жившим на болотистых землях, либо человеком с грубоватыми манерами — прозвище могло закрепиться и за тем, кого в деревне дразнили «грязнулей». Спор между «грязной» и «глинистой» версиями решается просто: обе говорят об одном — о связи с землёй, водой и тяжёлым крестьянским трудом.