Фамилия Лепорский происходит от географического названия — скорее всего, от местечка или села с корнем «Лепор-». Такие фамилии на -ский в большинстве своём дворянские или духовные: их давали либо по названию имения, либо семинаристам при поступлении в училище, заменяя простонародную фамилию на более благозвучную. В случае Лепорского основа неочевидна: в польской и западнорусской ономастике есть топоним Лепор (Lepor) или Лепорово, но документальных подтверждений его массового бытования мало.

Вероятнее, что фамилия имеет латинский или польский след. Слово lepor по-латыни означает «изящество, приятность, прелесть» — в семинарской среде такие «учёные» фамилии от абстрактных понятий были в ходу. Воспитанник духовной академии мог получить фамилию Лепорский как искусственную, образованную от латинского корня с типичным суффиксом -ский, указывающим на принадлежность. Это объясняет и редкость фамилии, и её книжное звучание.

Другая версия — от прозвища Лепор, которое могло быть связано с диалектным словом «лепый» (красивый, хороший) или с глаголом «лепить» (в значении «складывать, мастерить»). Но переход «леп-» в «лепор-» нехарактерен для русской народной речи, поэтому версия с латинским заимствованием выглядит убедительнее.

Семинаристы часто получали фамилии по принципу «от противного»: неблагозвучную бытовую фамилию заменяли на звучную, книжную. Лепорский — как раз такой случай: она могла возникнуть в стенах Киевской или Московской духовной академии в XVIII–XIX веках. Носители фамилии встречаются среди священнослужителей, что подтверждает её семинарское происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность — Лепорский с одним «с» и ударением на втором слоге. Встречается она преимущественно в центральных и южных губерниях Российской империи, но массового распространения не получила.