Фамилия Летон — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет слова «летон» в значении прозвища или профессии, поэтому искать корни стоит либо за пределами восточнославянского ареала, либо в искажённой записи исходной фамилии.

Первая версия — балтийская. Фамилия Летон могла возникнуть у выходцев из Латвии или Литвы: в латышском языке Latvija — Латвия, а latvietis — латыш. В русском просторечии жителя Прибалтики могли называть «летон» или «летт», отсюда и прозвище. Такое объяснение поддерживается географией: фамилия встречается в западных областях России, а также у староверов, переселявшихся в Прибалтику в XVII–XVIII веках.

Вторая версия — адаптация немецкой или еврейской фамилии. Например, немецкое Lehmann («вассал, арендатор») или Löwe («лев») при записи в русских документах могли трансформироваться в Летон. Среди еврейских фамилий встречается Leitner (от названия города Лейтен), и при передаче через польское или украинское посредничество конечное «-ер» отпадало, а корень упрощался до «Летон».

Третья, менее вероятная версия — отглагольная: от «летать» или «лететь». Но тогда ожидалась бы фамилия Летунов, Летов или Летягин. Суффикс «-он» нехарактерен для русских прозвищных фамилий, он скорее встречается в заимствованных (Платон, Гвидон). Поэтому версия с русским глаголом — самая слабая.

Фамилия Летон не имеет суффикса -ов/-ев или -ин, что говорит о её поздней фиксации или нерусском происхождении. В списках дворянства она не значится, в дореволюционных справочниках почти не упоминается. По переписям XX века носители Летон рассеяны по всей России, но чаще всего — в Псковской и Ленинградской областях, что косвенно подтверждает балтийскую гипотезу.