Фамилия Лиденёва — женская форма фамилии Лиденёв, которая образована от прозвища или нецерковного имени Лидень. В русской ономастике суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих согласных) указывает на принадлежность: буквально «сын Лиденя» или «из семьи Лиденя». Само имя Лидень — редкое, и его происхождение неочевидно. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «лида» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли болотистое место, топь, поросшую мхом. В таком случае Лидень — человек, живший у такого болота, либо прозвище по сырой, вязкой местности. Эта версия подтверждается тем, что фамилия имеет явные следы бытования на Русском Севере, в частности в Архангельской и Вологодской губерниях, где топонимика с корнем «лид-» встречается чаще.

Менее надёжная гипотеза выводит Лиденя от имени Лиодор (просторечная форма Феодора) или от редкого крестильного имени Лидия через уменьшительную форму — но такие переходы нетипичны для русских прозвищ, и фонетически они сложны. Также встречается мнение, что корень связан с глаголом «лить» (лидень — тот, кто льёт, например, воду или металл), но это предположение не подкреплено диалектными данными.

Интересная деталь: фамилия Лиденёв (и Лиденёва) почти не встречается за пределами России, а в самой стране сосредоточена в основном в Центральном и Северо-Западном регионах, с заметным пятном в Костромской области. Это указывает на относительно позднее оформление фамилии (не ранее XVII века) и на её локальный характер. По сословной принадлежности предки Лиденёвых, скорее всего, были государственными или дворцовыми крестьянами, реже — посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано, что делает её типичным примером «народной» фамилии, возникшей из прозвища по месту жительства.