Фамилия Лидонов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного отчества от крестильного имени, как у Ивановых или Петровых, и её корень не бросается в глаза. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать суффиксальную модель и посмотреть на возможные прозвища.

На первый взгляд, основа «Лидо-» может напомнить греческое имя Лидия или краткую форму от Владимир (Лида, Лидя). Но фамилия образована не от женского имени — в русской традиции фамилии на -ов от женских основ давались крайне редко и только в специфических случаях (например, внебрачным детям). Правдоподобнее версия, что в основе лежит мирское прозвище или имя Лидон. В старых русских говорах «лида» или «лид» могло означать нечто, связанное с внешностью или поведением: в некоторых диалектах «лидой» называли человека с большим, выпирающим лбом или высокого, худощавого. Суффикс -он в прозвищах (сравните: Мамон, Пахон, Шишон) часто придавал слову уменьшительно-пренебрежительный оттенок или просто служил для образования личного имени. Таким образом, Лидон — это прозвище человека, которого выделяла какая-то приметная черта, а Лидонов — «сын Лидона».

Есть и более прозаичная версия. Фамилия могла возникнуть как отчество от топонима — названия деревни или реки. В России встречаются гидронимы вроде речки Лида (приток Ветлуги) или села Лидино. Переселенец из такого места мог получить прозвище Лидон (по модели «из Лид — Лидон»), а его потомки стали Лидоновыми. Эта версия объясняет редкость фамилии: она привязана к узкой местности и не попала в массовое распространение.

У фамилии нет аристократических корней. Она не встречается в родословных книгах дворянства, а её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы из центральных или северных губерний России. Суффикс -ов указывает на стандартную великорусскую модель фамилии, окончательно закрепившуюся к XVIII–XIX векам. Скорее всего, Лидоновы — потомки одного человека по прозвищу Лидон, жившего в глухой деревне, откуда фамилия и не вышла за пределы узкого круга семей.