Фамилия Лигафшиев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор начинается не с корня, а с вопроса: откуда вообще взялось такое сочетание звуков? С первого взгляда кажется, что перед нами фамилия на -ев, образованная от прозвища или имени Лигафша, но ни в одном доступном словаре древнерусских имён или прозвищ такого слова нет. Всё дело в том, что исходная форма, скорее всего, звучала иначе, а нынешнее написание — результат искажения при переписи или адаптации нерусского звучания.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским или арабским именем Лятиф (Латиф), что значит «добрый», «приятный», «благой». В русских говорах и приказной речи XVI–XVII веков это имя нередко записывали как Лигаф, Лигаша или Лигафша — через «г» вместо «т» из-за особенностей произношения в диалектах Поволжья. Суффикс -ев (а не -ин) указывает, что основа кончалась на мягкий или шипящий согласный: Лигафш-ев. Таким образом, Лигафшиев — это патроним, то есть «сын Лигафши» (или «внук Лигафши»). Двойное «и» в суффиксе (-шиев) может быть поздним графическим наслоением: в документах XIX века нередко писали Лигафшиев вместо более логичного Лигафшев, подравнивая под фамилии вроде Алексеев, где -еев — часть основы.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где исторически было сильно татарское и башкирское влияние. Встречается она крайне редко, единичными семьями, и это говорит о том, что родоначальник, скорее всего, был крещёным татарином или выходцем из тюркской среды, принявшим православие. Записанная фамилия закрепилась именно в той форме, в какой её услышал и записал писарь.

Другие версии — от диалектного слова «лигафша» (не зафиксировано в словарях) или от греческого имени Ликаон — выглядят натянутыми и не подкреплены ни словообразовательной логикой, ни ареалом бытования. Поэтому для носителей фамилии Лигафшиев наиболее вероятная история предков: служба в казачестве, крестьянство или мелкое купечество в районах Симбирской, Самарской или Астраханской губерний, где тюркские имена переходили в русские фамилии с характерным искажением.