Фамилия Лигаева хранит в себе загадку: её основа настолько редка, что не встречается в большинстве популярных справочников по русским фамилиям. В отличие от типичных «профессиональных» или «патронимических» фамилий, эта почти наверняка восходит к прозвищу — и прозвищу не самому очевидному.

Самый вероятный источник — диалектное слово «лига» или «лигва». В русских говорах так называли бранчливую, сварливую женщину, а также нечто вязкое, топкое (например, болотистое место). Человек с прозвищем Лига мог получить его за неуживчивый характер или, что реже, за привычку «вязнуть» в делах, быть медлительным. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Лигаев — сын Лигая, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским «лига» (лекарь, знахарь). Если предки были выходцами из татарской или башкирской среды, Лигаевы могли вести род от сельского целителя. Однако для этой гипотезы нет убедительных письменных подтверждений, и она остаётся лишь предположением.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, особенно к Удмуртии и Пермскому краю. В этих местах слово «лига» в значении «топь, грязь» фиксируется в местных говорах, что делает «болотную» версию более приземлённой и правдоподобной. Встречается фамилия и в Мордовии, но единично.

Ударение в фамилии плавающее: чаще говорят Лига́ева, но в некоторых семьях — Ли́гаева. Это не ошибка, а следствие региональных говоров: на Волге ударение склонно смещаться на последний слог, а на северах — на первый.

В отличие от фамилий вроде Лигачёв (от «лигач» — лодырь) или Лигов (от названия реки Лиги), Лигаева стоит особняком. Её корень не дал множества «родственников» в русском ономастиконе — это редкий случай, когда прозвище не превратилось в массовую фамилию, а осталось локальным, почти семейным знаком.