Фамилия Лихоненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был главным маркером фамилий казацкой старшины и мещан на Левобережной Украине. Он означал «сын» или «потомок», поэтому Лихоненко — буквально «сын Лихана» (или «человек из рода Лихана»).

Основа фамилии — прозвище Лихан. Оно образовано от прилагательного «лихой». В древнерусском языке у слова «лихой» был широкий спектр значений: от «злой, бедовый, опасный» до «удалой, смелый, быстрый». Прозвище Лихан могли дать человеку с крутым нравом, склонному к риску, или, наоборот, тому, кто слыл сорвиголовой и храбрецом. В украинских говорах «лихо» — это зло, беда, поэтому прозвище могло закрепиться за человеком, который приносил несчастья, или, в охранительной традиции, — наоборот, чтобы отвести беду.

Интересно, что фамилия Лихоненко встречается в основном на Слобожанщине (современные Харьковская, Сумская области) и в южных регионах России, куда переселялись украинские казаки. В XIX веке носители фамилии записывались как государственные крестьяне и казаки. Редкий вариант написания — Лиханенко — сохранил более архаичную форму прозвища. В русском языке фамилия не получила распространения из-за чужеродного суффикса, но на юге России её носители — потомки украинских переселенцев.

В отличие от фамилий Лихов или Лихин, образованных от того же корня, но с русскими суффиксами, Лихоненко однозначно указывает на украинское происхождение. Искать дворянское прошлое у этой фамилии не стоит — она бытовала в среде свободных казаков и крестьян, где прозвища давали по характеру, а не по роду занятий.