Фамилия Лихонин образована от прозвища Лихоня. В его основе лежит прилагательное «лихой», которое имеет два основных значения: «бойкий, молодецкий, удалой, проворный, смелый и решительный», «злой, злобный, мстительный, лукавый». Возможно также, что прозвище Лихоня этимологически связано с украинским или белорусским названием профессии «лихарь» (искаженное от «лихварь», из польского lichwarz), т.е. «ростовщик». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лихоня, со временем получил фамилию Лихонин.