Фамилия Лохонин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или нецерковного имени через притяжательный суффикс -ин. Основа здесь — Лохоня. Что могло означать это слово, и почему оно стало прозвищем, сказать сложно: в русских говорах «лохоня» не встречается как общеупотребительное. Скорее всего, это диалектное или местное образование. Можно предположить, что в его основе лежит глагол «лохматить» или существительное «лохмы» — то есть прозвище могли дать человеку с растрёпанными, нечёсаными волосами. Подобные прозвища по внешности давали часто: Лохматый, Кудряш, Вихрастый.

Менее вероятна связь с устаревшим словом «лох» (лосось, сёмга после нереста) или с «лох» в значении «глупый, нерасторопный человек» — это значение закрепилось в литературном языке поздно, в XIX веке, и вряд ли стало основой для фамилии в крестьянской среде, где прозвища были конкретными и бытовыми.

Фамилия Лохонин — редкая. Встречается она преимущественно в центральных регионах России, особенно в бывшей Вятской губернии (современная Кировская область). Там же фиксируются однокоренные фамилии: Лохонин, Лохин, Лохов. Вятка — зона активного бытования фамилий на -ин, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от внешнего признака, а не от имени.

Таким образом, предок носителя фамилии Лохонин, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из северо-восточной части России, получившим прозвище Лохоня за свою шевелюру или, реже, за особенность поведения. Фамилия сохранила эту местную, диалектную основу, почти не изменившуюся за века.