Фамилия Лохонова — женская форма от Лохонов, и её разговорное звучание скрывает неочевидную, но довольно прозрачную историю. Вопреки возможным ассоциациям, основа здесь не связана с растением лопух или словом «лох» в современном жаргонном значении. Корень восходит к диалектному глаголу «лохониться» — то есть важничать, чваниться, держаться с показным достоинством. Соответственно, Лохоном в старину могли прозвать человека заносчивого или того, кто любил «пускать пыль в глаза».

Суффикс -ов- указывает на типичную модель образования русских фамилий от прозвищ или мирских имён, закрепившуюся в XVI–XVII веках. Лохонов — буквально «сын Лохона» или «из семьи Лохона». Географически фамилия редкая и имеет отчётливую привязку к северным и центральным регионам России: чаще всего её носители встречаются в Архангельской, Вологодской и Костромской областях. В этих краях диалектная лексика сохранилась лучше, и слово «лохон» могло бытовать в крестьянской среде.

Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, подтверждают, что прозвищные фамилии с такой основой не единичны: параллельно существовали Лохин, Лохов, Лоханкин — все они образованы от разных форм одного корня. В случае Лохонова характерен именно суффикс -он-, который в русских прозвищах нередко придавал оттенок пренебрежения или иронии. То есть прозвище Лохон могло быть не столько нейтральным, сколько насмешливым — так в деревне могли окрестить мужика, который «задирал нос».

Сословная принадлежность предков Лохоновых, скорее всего, крестьянская или посадская. Дворянских родов с такой фамилией в исторических родословных книгах не зафиксировано. Вариант написания через «а» в окончании (Лохонова) — это стандартное склонение для женщин, закрепившееся в документах и метриках.