Фамилия Лохоня — это нестандартная, редкая модель русской фамилии, которая с первого взгляда ставит в тупик. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, она оканчивается на -я, что сразу указывает на её происхождение: перед нами не «фамилия сына» (Иван → Иванов), а застывшее прозвище или имя в исходной, непатронимической форме. Такие фамилии (Кузьма, Сорока, Шуба) в XVII–XVIII веках фиксировали за крестьянами и казаками в качестве уличного прозвища, которое затем передавалось детям без изменений.

Корень «лохон-» — тёмный и многозначный. Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «лохоня» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли нерасторопного, вялого или простоватого человека (от «лох» — дурак, ротозей, или от глагола «лохнуть» — обмякнуть, ослабеть). В этом случае фамилия образована по той же модели, что и «Рохля», «Тюхтя», «Мямля» — прозвище по характеру, которое закрепилось за родом. Вторая, менее очевидная версия: «лохоня» могло быть искажением слова «лохань» — деревянная посуда для воды или корма скоту. Прозвище по предмету быта давали либо бондарю, делавшему лохани, либо человеку, которого в шутку сравнивали с этой утварью (например, за полноту или медлительность).

Словообразовательная модель здесь архаичная: суффикс -он- (как в «губона», «губошлёпа») с окончанием -я образует экспрессивное, часто сниженное прозвище. Такие формы характерны для севернорусских и сибирских говоров, где сохранилась старая система уличных имён. Географически фамилия Лохоня встречается крайне редко, в основном в Смоленской, Псковской областях и в Беларуси, что косвенно подтверждает её диалектную основу.

Сословный состав предков определить сложно, но, судя по типу фамилии, это была крестьянская среда. Дворянские роды с таким окончанием единичны и обычно имеют польское или украинское происхождение (например, Гончареня, Хмара). Лохоня — почти наверняка фамилия бывшего крепостного крестьянина или однодворца, чьё прозвище записали в ревизские сказки без переделки в патроним.