Фамилия Логоня — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычный корень. В русских фамилиях на -оня (-оня) обычно скрывается прозвище, образованное от глагола или существительного. В данном случае основа, скорее всего, связана с глаголом «логоть» или «логать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это означало «лягать», «брыкаться». Прозвище Логоня могли дать непоседливому, драчливому или строптивому человеку, который «логается», то есть сопротивляется, не даётся в руки. Модель образования проста: от глагольной основы с помощью суффикса -оня, который в народной речи придавал прозвищу оттенок действия или свойства (ср. Вертя, Гуля, Брехня).

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из диалектного слова «лог» — овраг, низина, ложбина. Тогда Логоня — человек, живший у лога или в логу. Однако такая модель (от топонима с суффиксом -оня) для русских фамилий нетипична: обычно от названий мест образуют фамилии на -ский или -ин. Поэтому прозвищное происхождение от глагола выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также на Украине. Встречается вариант с ударением на последний слог — Логоня́, что тоже характерно для южнорусской и украинской традиции, где ударение в фамилиях часто смещается на окончание.

По суффиксу -я фамилия относится к типу «прозвищных» — таких, которые в документах XVI–XVII веков нередко писали без патронимического суффикса, просто: Логоня. Позже, при закреплении фамилии, окончание застыло, и она не получила типичного -ов или -ин. Это указывает на то, что предок носителя был, скорее всего, из крестьян или казаков — в среде низших сословий прозвища в чистом виде держались дольше, чем у дворян, где требовалась «официальная» форма.

Однокоренные фамилии — Логачёв, Логинов, Логошин — стоят на той же смысловой основе, но с разными суффиксами. Логоня среди них выделяется как самая архаичная по форме, сохранившая исходное прозвище почти без изменений.