Фамилия Логонко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVI–XVII веках стала одной из самых продуктивных на землях Речи Посполитой. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывал на родство, превращая личное имя или прозвище отца в фамилию потомка. Логонко буквально значит «сын Логона» или «маленький Логон».

В основе фамилии лежит разговорная форма Логон от крестильного имени Лонгин. Имя это латинского происхождения (Longinus), и означает оно «длинный», «долгий» или «высокий». В народной среде имя Лонгин, как и многие другие календарные имена, подверглось сокращению: отпал конечный -ин, и осталась простая, удобная для повседневного общения форма — Логон. Именно от неё, а не от полного церковного имени, и пошла фамилия.

У имени Лонгин семь святых покровителей, и это говорит о его распространённости в православной традиции. Среди них — преподобный Лонгин Коряжемский (память 23 февраля), преподобный Лонгин Яренгский (16 июля) и мученик Лонгин Мелитинский (20 ноября). Такая популярность имени объясняет, почему от него возникло несколько фамильных вариантов: наряду с Логонко встречаются Лонгинов, Логинов, Логонов.

Любопытно, что форма Логонко — типично украинская, а не белорусская или польская. В Беларуси чаще бытовал бы вариант Логонович, в Польше — Логинский или Лонгинский. География фамилии Логонко сегодня сосредоточена на Украине и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Носители фамилии, скорее всего, происходили из казацкой или крестьянской среды: суффикс -ко в ту эпоху был особенно распространён именно в этих сословиях, в то время как шляхта чаще использовала фамилии на -ский.