Фамилия Лохня — редкий пример, где звучание обманчиво, а корень не имеет ничего общего с тем, что первым приходит в голову. В русской ономастике слово «лох» исторически означало не глупого человека, а рыбу (лосось, сёмга) или, в южных и западных говорах, кустарник — лох серебристый, который сажали для укрепления склонов. Прозвище Лох могли дать рыбаку, торговцу рыбой или человеку, жившему у зарослей лоха. Фамилия Лохня образована по той же модели, что и Бородня, Головня: суффикс -н- и окончание -я превращали прозвище в фамилию, указывая на родовую принадлежность — «сын Лоха» или «человек из семьи Лоха».

Географически фамилия тяготеет к западу России и Белоруссии. В польском и белорусском языках «łoch» — это тот же кустарник, а в литовском «lašis» — лосось, поэтому возможна и балтская основа. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Лох в Смоленской и Витебской губерниях, откуда фамилия и пошла вглубь России.

Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся у поздних переписчиков: связь с глаголом «лохматить» — делать косматым. В этом случае Лохня могло быть прозвищем неопрятного человека. Однако против этой гипотезы говорит то, что фамилии с суффиксом -ня в русском языке почти всегда образуются от существительных, а не от глаголов. Поэтому рыбная или растительная версия убедительнее.

Сословно Лохня — почти наверняка крестьянская фамилия. Дворянских родов с такой фамилией нет, в купеческих гильдиях она не фиксируется. Это фамилия земледельцев или рыбаков, которую носили в одном-двух сёлах, редко выходя за их пределы. Сегодня она встречается единично, в основном в центральных областях России и на юге Белоруссии.