Фамилия Лохнин — одна из тех, где корень спорит с суффиксом. На первый взгляд всё прозрачно: основа «лохн-» и типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: Лохнин — сын Лохни. Но вот что скрывается за прозвищем Лохня — вопрос, на который нет одного ответа.

Самая прямая версия отсылает к слову «лох» в его старом, необидном значении. В северных и сибирских говорах «лохом» называли сома или лосося в период нереста, а также рыбу вообще. Лохня — это мог быть рыбак, торговец рыбой или человек, чем-то напоминавший эту рыбу (например, усатый или медлительный). В пользу этой версии говорит продуктивность модели: от «рыбных» прозвищ образованы десятки фамилий (Щукин, Окунев, Сомов, Ершов). Лохнин органично вписывается в этот ряд.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «лохнуть» — мокнуть, разбухать от влаги, или с прилагательным «лохный» — влажный, сырой. В этом случае прозвище Лохня мог получить либо человек, живший в сырой низине, либо тот, кто работал с водой — например, бондарь, мочивший древесину, или мельник. Слабее версия с «лохмотьями»: от «лох» в значении «лоскут» образованы фамилии Лохтин, Лохматов, но суффикс -ня в этом ряду нехарактерен.

С точки зрения географии, фамилия Лохнин преимущественно севернорусская. Максимальная концентрация носителей — в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии. Это естественно: именно в этих краях «лох» означало рыбу, а вода и сырость — привычный фон жизни. Южнее фамилия встречается редко, что косвенно подтверждает связь с северными диалектами.

В дореволюционных переписях Лохнины чаще всего числились государственными крестьянами — то есть лично свободными, но приписанными к общине. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже типично для фамилий, образованных от прозвищ по занятию или месту жительства.