Фамилия Лоханя — довольно редкая, и её разбор сразу упирается в вопрос: что за основа и что за суффикс? В русских фамилиях на -я обычно указывают на украинское или белорусское происхождение (сравните: Палий, Гайдай, Шевченко). Суффикс -я здесь выполняет роль прозвищного окончания, и фамилия Лоханя, скорее всего, образована от прозвища Лохань.

Само слово «лохань» в русских говорах означает деревянную или металлическую посуду — широкую кадку, корыто для стирки, мытья или хранения воды. Прозвище Лохань могли дать бондарю, который делал такие кадки, или человеку, который торговал этой утварью. Но возможен и переносный смысл: в некоторых диалектах «лоханью» называли неуклюжего, медлительного человека. Вторая версия — прозвище могло возникнуть от слова «лох» в значении «рыба» (например, лосось после нереста) или, в более позднем просторечии, «простак», но это менее вероятно для старых фамилий.

В пользу украинского или белорусского корня говорит и окончание -я: в этих языках оно типично для прозвищ, которые затем закреплялись как фамилии без дополнительных суффиксов (как, например, фамилии Коваль, Гончар). То есть предок носителя фамилии Лоханя был человеком, которого в округе знали как Лоханя — либо по ремеслу, либо по внешности или поведению.

Географически фамилия встречается в основном на западе и юге России, а также в Украине и Беларуси. В дореволюционных переписях она фиксируется редко, что подтверждает её локальный, а не массовый характер. О сословной принадлежности носителей сказать сложно: прозвищные фамилии такого типа могли быть как у крестьян, так и у казаков или мещан — точных данных нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Лоханин, Лоханов), то Лоханя стоит особняком: она короче, без патронимического суффикса -ов/-ин, что указывает на прямое прозвище, а не на отчество от имени отца. Это делает её более древней по форме, хотя сама фамилия могла оформиться и позже, в XV–XVII веках, когда прозвища активно переходили в фамилии у простого населения.