Фамилия Лоханов образована по одной из самых распространенных в русской ономастике моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Лохана). Интерес здесь не столько в суффиксе, сколько в основе, которая звучит для современного уха двусмысленно.

Корень «лох-» в русских говорах имел несколько значений, и все они далеки от современного бранного смысла. Самое вероятное — диалектное «лох» в значении «рыба» (чаще всего сёмга или лосось в период нереста, когда она теряет вид). В северных и сибирских говорах «лохом» называли также неряшливого, обросшего человека, но это значение вторично и могло возникнуть как раз от образа облезлой рыбы. Встречается и версия, что «лох» — это вариант имени Флор (в просторечии Фрол), но для фамилии Лоханов это менее вероятно: суффикс -анов обычно присоединяется к основе на согласный, а не к имени, которое давало бы Лохов или Лохин.

Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был прозван Лоханом либо за промысел (рыбак, торговец рыбой), либо за внешнее сходство с этой рыбой — скажем, за крупный рост или неуклюжесть. В пользу промысловой версии говорит то, что фамилия Лоханов встречается в регионах, где ловля лососёвых была традиционна: в Архангельской, Вологодской, Пермской губерниях. Встречается она и на Дону, но там корень мог быть другим — от тюркского «лох» (лохмотья, рубище), что давало бы прозвище бедняку.

Родственные фамилии — Лохов, Лохин, Лохачёв — подтверждают, что основа «лох» была активна в прозвищной системе. Лоханов стоит в том же ряду, что и, например, Ершов или Окунев: фамилии, указывающие на рыбу, в русской ономастике не редкость. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянская или мещанская, что типично для прозвищ от названий живности.