Фамилия Лохонищев — редкая, и её разбор требует внимания к деталям словообразования, которые в более частых фамилиях уже стёрлись. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Лохоня (или Лохон). Суффикс -ищев указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «Лохонищев», то есть сын или потомок человека по прозвищу Лохоня.

Ключевой вопрос — что значило само слово «лохоня». Здесь возможны две версии, и одна из них существенно правдоподобнее другой. Первая, лежащая на поверхности, связывает корень с «лох» — в ряде русских говоров так называли нерасторопного, простоватого человека или лентяя. Однако суффикс -оня в русской антропонимии часто имеет уменьшительно-ласкательный или даже уничижительный оттенок, но редко используется для прямого оскорбления. Вторая версия, более надёжная, отсылает к диалектному слову «лох» в значении «рыба» (например, сёмга после нереста). В северных и сибирских говорах «лох» — это рыба семейства лососёвых, а «лохоня» могло быть прозвищем рыбака или человека, имевшего дело с рыбой. Фамилия Лохонищев тогда встаёт в один ряд с прозвищными фамилиями по роду занятий: Ёршов, Судаков, Карасёв.

Обратите внимание на суффикс -ищев, а не более привычный -ов. В русских фамилиях -ищев встречается реже. Он образован от притяжательного прилагательного с суффиксом -ищ- (сравните: отчим — отчищев, то есть «сын отчима»). Это дополнительно указывает на то, что прозвище Лохоня было не просто именем, а чётко выделяло первого носителя среди окружающих — либо по внешности, либо по промыслу. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где слово «лох» в рыбном значении было в ходу, хотя массовых переписей по этой фамилии не проводилось.

Таким образом, Лохонищев — это «сын Лохони», а сам Лохоня, скорее всего, был не простаком, а человеком, связанным с рыболовством на севере. Версия с «лохом-рыбой» объясняет и необычную форму, и редкость фамилии: не в каждом регионе такой промысел был основным.