Фамилия Лахонин образовалась от прозвища Лахоня. Предположительно, оно произошло от диалектного слова «лахон», которым в тамбовских говорах обозначали лоскут ткани или кожи. Вполне возможно, что данное прозвище относилось к так называемым «профессиональным» именованиям, содержавшим указание на род деятельности человека. Поэтому можно предположить, что основатель рода Лахониных занимался лоскутным шитьем. Не исключено также, что прозвище Лахоня могло быть связано с социальным статусом человека. Согласно другой гипотезе, фамилия Лахонин является фонетическим вариантом фамилии Лохонин, возникшим под влиянием акающих говоров. В таком случае фамилия могла быть образована от прозвища Лохоня из нарицательного «лохон». Это слово упоминается в «Толковом словаре живого великорусского языка» В.И. Даля как диалектное (владимирские говоры), и значение его трактуется как «холщевой рабочий балахон». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Лохоня могло принадлежать трудолюбивому человеку. Так, например, в Книге памяти Томской области записаны Григорий Кириллович Лахонин (р.1930) и Иван Кириллович Лахонин (р.1915), оба родившиеся в Рыбинском районе Омской области и направленные в спецпоселение в Томскую область. В Книгу памяти Амурской области внесен уроженец Ленинградской области Николай Михайлович Лахонин (р.1902), работавший в селе Бушуйка Сковородинского района. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лахоня, со временем получил фамилию Лахонин. Среди наиболее известных однофамильцев — футболист, заслуженный мастер спорта Виктор Тимофеевич Лахонин (1914-1980).