Фамилия Лахонина — это родовое именование, которое хранит память о прозвище дальнего предка. В основе фамилии лежит прозвище Лахоня, а его происхождение исследователи связывают с несколькими диалектными словами.

Наиболее вероятная версия отсылает к тамбовскому говору, где словом «лахон» называли лоскут ткани или кожи. Если это так, то прозвище Лахоня было профессиональным: его мог получить портной, занимавшийся лоскутным шитьём, или торговец кожей и тканью. Впрочем, иногда прозвища, образованные от предметов быта, указывали не на ремесло, а на бедность человека, который донашивал одежду из лоскутьев.

Согласно второй, не менее обоснованной гипотезе, фамилия Лахонина — это фонетический вариант фамилии Лохонин, возникший под влиянием акающих говоров. В этом случае исходное прозвище Лохоня происходит от слова «лохон», которое В. И. Даль в своём словаре фиксирует во владимирских говорах как «холщевый рабочий балахон». Такое прозвище мог получить человек, носивший рабочую одежду, то есть трудолюбивый крестьянин или мастеровой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лахонина — «дочь» или «жена» Лахони. В русской традиции такие фамилии закреплялись за детьми и внуками человека по прозвищу.

Документальные свидетельства подтверждают бытование фамилии в Сибири. В Книге памяти Томской области записаны Григорий Кириллович Лахонин (1930 г.р.) и Иван Кириллович Лахонин (1915 г.р.), оба родились в Рыбинском районе Омской области и были направлены в спецпоселение в Томскую область. В Книгу памяти Амурской области внесён уроженец Ленинградской области Николай Михайлович Лахонин (1902 г.р.), работавший в селе Бушуйка Сковородинского района. Эти записи показывают, что носители фамилии осваивали дальние регионы страны в XX веке.

Из известных однофамильцев стоит назвать футболиста, заслуженного мастера спорта Виктора Тимофеевича Лахонина (1914–1980).