Фамилия Ладонина образована от прозвища Ладоня. В основе — существительное «ладонь», и здесь есть как минимум два объяснения. Первое: прозвище могли дать человеку с красивыми, ухоженными ладонями — этакая внешняя примета, которая бросалась в глаза и закреплялась в обиходе. Второе, и оно выглядит более убедительным: прозвище могло быть связано с ремеслом. В русских говорах «ладонь» нередко выступала как метафора орудия труда — например, при обмолоте хлеба ладонью придерживали сноп или работали цепом. Так прозвище Ладоня могло закрепиться за земледельцем или молотильщиком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ладонина — «дочь (или жена) Ладони», а в более широком смысле — потомок человека по прозвищу Ладоня. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены.

Фамилия редкая, её трудно спутать с более частыми Ладониными или Ладонкиными — здесь основа сохранилась без уменьшительных или искажающих суффиксов. В документах встречается с XVII века в новгородских и псковских писцовых книгах, где «Ладоня» фигурирует как личное прозвище.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с именем Лад (от «ладный», «складный»), но она слабее — в фамилии чётко прослеживается основа «ладонь», а не «лад». Так что, скорее всего, предки носителей фамилии Ладонина были людьми, чьи руки — либо красивые, либо рабочие — дали им прозвище, пережившее века.