Фамилия Лахонов образована по продуктивной модели, но с неочевидной основой. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Лахонов — буквально «сын Лахона» или «человек из рода Лахона». Вопрос в том, что скрывается за прозвищем Лахон.

Самая прямая версия — связь с диалектным словом «лахон». В южнорусских и украинских говорах так называли лохмотья, ветхую одежду, а также неряшливого человека. Прозвище Лахон могли дать бедно одетому, неопрятному крестьянину. Однако в ономастике редко встречаются фамилии от откровенно уничижительных прозвищ — они либо вытеснялись, либо имели иное, более нейтральное значение. Возможно, «лахон» в каком-то регионе обозначало нечто другое: например, вариант слова «лохань» (деревянная кадка, корыто), что указывало бы на ремесло бондаря или торговца посудой.

Есть и менее очевидная версия: от канонического имени Галактион. В просторечии его сокращали до Лахон или Лахоня, отбрасывая первый слог. Такое стяжение типично для русской народной традиции (ср. Авдей от Авдей, Лукерья от Гликерия). Если это так, то Лахонов — потомок человека по имени Лахон, то есть Галактиона. Эта версия выглядит предпочтительнее, поскольку объясняет, откуда взялось прозвище, не связанное с недостатками или ремеслом.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, встречается в документах XVII–XVIII веков среди крестьян и однодворцев. В дворянских родословных Лахоновы не отмечены — фамилия осталась в непривилегированных сословиях.