Фамилия Латонина в своей основе имеет два заметных расходящихся смысловых луча, и какой из них ближе к истине для конкретной семьи — часто решает география и история рода.

Вероятнее всего, фамилия образована от имени Латоня. Это уменьшительная форма имени Платон, которое переводится с греческого как «широкоплечий». Покровителями имени считаются преподобный Платон Студийский (память 18 апреля) и мученик Платон (1 декабря). В этом случае фамилия указывает на то, что предка звали Платоном: в быту его называли уменьшительно Латоня, а его дети стали Латониными. Это самая прямая и распространенная модель для русских фамилий на -ин.

Есть и другая версия — украинская. Она выводит фамилию от прозвища Латання. Слово имеет два значения: «тот, кто ставит заплаты» (портной-бедняк) или «тот, кто наказывает поркой». Такое прозвище мог получить либо человек, занимавшийся починкой одежды, либо, в ироничном смысле, человек строгий и скорый на расправу.

Третья гипотеза — семинарское происхождение. В духовных училищах фамилии часто давали искусственно. Если ученик не имел фамилии или его собственная казалась недостойной сана (например, Пьянов), наставники могли предложить новую. В этом случае за основу взяли имя Латона — матери Аполлона из греческой мифологии. Само имя Латона возводят к ликийскому слову lada — «жена», «мать». Фамилия звучала книжно и благородно, что как раз ценилось в семинарской среде. Однако эта версия менее вероятна: фамилия Латонина встречается не только в среде духовенства, а форма Латоня как уменьшительное от Платона — гораздо естественнее для народной традиции именования.