Фамилия Латоня — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массовых фамилий на -ов или -ин, окончание -я указывает на то, что перед нами, скорее всего, не искусственная семинарская или канцелярская форма, а прозвище, застывшее в именительном падеже. Такие фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где прозвища часто переходили в фамилии без дополнительных суффиксов (сравните: Шевченко, Палий, Коваль).

Самая прямая и вероятная версия связывает фамилию с древнегреческим словом «λάθω» (латхо) или «λήθη» (лэте) — «забвение», «тайна», «скрытность». Однако вряд ли предок был философом, носившим абстрактное понятие. Скорее, Латоня — это народная, «обрусевшая» или «обукраиненная» форма греческого имени Платон (через промежуточные варианты вроде Платоня, Латоня). В южнорусских и малороссийских говорах звук «п» в начале слова мог редуцироваться или заменяться на «л» под влиянием местного произношения, а имя Платон, популярное среди духовенства и мещан, легко превращалось в уменьшительное Платоня → Латоня. Если эта версия верна, предок мог быть либо выходцем из духовного сословия (где греческие имена были нормой), либо крестьянином, получившим прозвище по имени своего барина или местного священника.

Вторая, более прозаическая гипотеза выводит фамилию из диалектного глагола «латонить» или существительного «латонь». В некоторых говорах «латонь» — это заплата, лоскут, нечто склеенное или сбитое. Прозвище Латоня могли дать портному, сапожнику или человеку, который постоянно что-то чинил, «латал». В пользу этой версии говорит то, что фамилии от ремесленных прозвищ — одни из самых распространённых, и «латание» дало много однокоренных фамилий (Латаев, Латаный, Латанов). Латоня в этом ряду — более редкая, но логичная форма.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях, а также среди белорусов. Это косвенно подтверждает обе версии: и украинскую адаптацию имени Платон, и диалектное слово «латонь», бытовавшее именно в этих краях.

Суффиксальная модель отсутствует — фамилия образована простой субстантивацией прозвища. Это делает её «живым» свидетельством того, как в XVIII–XIX веках прозвище, данное одному человеку, закреплялось за его потомками без изменений. Встречаются варианты написания Латоня и Латоня (с ударением на второй слог), но единого стандарта нет.